口袋妖怪火红版的神兽可在双子岛、无人发电厂、灯火山、华蓝洞窟、关都与七之岛全域、肚脐岩、诞生之岛找到，不同神兽对应不同地点与解锁条件。急冻鸟位于双子岛最深处，需从浅红市附近水路进入，用冲浪抵达岛屿，再用劲力推开岩石引导水流形成通路，才能在洞穴底部见到这只冰系神兽。闪电鸟藏在无人发电厂内部，从枯叶市右侧码头出发，穿过水域即可到达废弃发电站，沿着内部通道走到发电机组附近，就能遇到电系神兽。火焰鸟在一之岛灯火山顶，从枯叶市坐船到一之岛后，向灯火山方向前进，进入火山洞穴并一路向上，在山顶位置可找到火系神兽。
超梦出现在华蓝洞窟最深处，需先完成七之岛全部剧情，再从华蓝市左侧水域冲浪进入隐藏洞窟，洞窟内地形复杂，需携带冲浪、攀瀑等技能宝可梦，一路深入到最底层才能遇见这只强力超能力系神兽。雷公、炎帝、水君会在关都地区与七之岛全域随机游走，初始宝可梦选择杰尼龟会出现雷公，选妙蛙种子会出现炎帝，选小火龙则会出现水君，登入名人堂后它们开始随机移动，需在野外反复探索追踪。洛奇亚在肚脐岩最深处，凤王在肚脐岩山顶，需获得神秘船票才能前往该区域，进入后分别探索深处与山顶即可找到这两只神兽。代欧奇希斯位于诞生之岛，需获得极光船票，到达后按最短路线调查陨石，触发后即可遇见。
捕捉神兽前要做好充足准备，三圣鸟等级均为50级，超梦等级为70级，游走神兽等级随区域变化，建议培养60级以上主力宝可梦，携带会催眠、麻痹、睡眠粉等控制技能的宝可梦，降低神兽逃跑概率。捕捉时优先用控制技能让神兽陷入异常状态，再用高级球、超级球反复尝试，超梦强度极高，建议优先使用大师球捕捉，或准备大量超力球配合控制技能消耗。游走神兽追踪时，可在草丛、水域反复切换区域，利用宝可梦雷达类机制提高遇见概率，遇到后快速控制并捕捉，避免其逃跑后再次随机移动。
探索神兽栖息地时，要提前准备好冲浪、劲力、攀瀑、闪光等必备技能，双子岛需多次调整岩石位置疏通水流，无人发电厂要注意避开内部机关，灯火山需应对高温地形与野生火系宝可梦干扰。华蓝洞窟多层结构复杂，要记好路线避免迷路，肚脐岩与诞生之岛需特殊船票解锁，可通过特定剧情或道具获取船票后再前往。除了定点神兽，部分神兽还会在特定区域野生出现，比如红莲岛精灵小屋深处可遇炎帝，真新镇下方草地可遇拉帝欧斯与拉帝亚斯，这些野生神兽同样需要耐心探索与捕捉。
