要开启迷失岛2的二周目冒险，首要前提是必须完整通关游戏的一周目所有内容。这包括完成四大岛屿的主线任务、成功挑战最终的BOSS，并尽可能收集散落在场景中的神秘宝箱与隐藏秘宝。只有达成了这些基础条件，游戏系统才会认可玩家具备了进入更深层冒险的资格，从而解锁相应的功能。
在确认一周目完全通关后，具体的开启操作是在游戏主界面进行。玩家需要回到游戏的主菜单，此时界面中会出现一个名为新游戏+的选项，直接选择该选项即可开启二周目。部分流程描述中，这一步骤也可能表现为选择新游戏后，系统提示将擦除已有存档，在确认后便会以二周目模式重新开始，这两种表述指向的是同一入口。
进入二周目后，游戏并非简单地重复一周目的流程，而是带来了显著的变化与新的挑战。敌人的强度会得到提升，同时资源产出也变得更为丰富。游戏还会解锁如双人模式、红狼挑战等全新的玩法内容。游戏的许多场景中会出现一周目未曾有过的关键道具和谜题线索，例如在初始的桥梁上就能直接拾取到一个三角形的石块，这标志着二周目独特的解谜旅程正式开始。
二周目冒险的一个核心目标是收集六个特定的三角形石块。这些石块散落在岛屿的不同角落，例如工厂的章鱼怪附近、神庙外围的石头、船舱内部以及火箭二楼等位置。集齐这六块石块是开启位于神庙二楼的新增密室大门的关键。开启密室需要依据在灯塔二楼墙上获得的纸条提示，将石块按照正确的图案顺序放入门上的凹槽中。
除了收集石块，二周目还引入了独有的解谜环节。在工厂区域会出现一个新增的铁箱子，解开它需要玩家观察神庙密室内的壁画，根据壁画中章鱼触手上眼睛的睁开与闭合状态来调整箱子上的机关。成功解开后可以获得一个铁锥道具。将此道具带回神庙密室与光柱互动，会触发一段特殊的对话，从中可以获得进入金字塔密室并解锁游戏更深层结局所需的最终密码。
二周目是对游戏世界观的深化与扩展。它通过继承部分进度、增设全新谜题与隐藏道具，以及对部分剧情逻辑的调整，引导玩家对一周目中未能解答的疑问进行更深入的探索。这个过程要求玩家充分利用在一周目中积累的解谜经验，更加细致地观察环境中的细微变化，从而最终揭开岛屿背后更为完整的真相。
